捜査は主に警察が行います。このときの警察官は司法警察職員といわれます。司法警察職員のうち警部以上は司法警察員、その他は司法巡査といわれます。
捜査の端緒
捜査をはじめるきっかけを捜査の端緒といいます。捜査の端緒は、警察官による職務質問、被害届、告訴、告発、通報などがあります。
任意捜査
捜査が始まったからといってすぐに逮捕や捜索がおこなわれるわけではありません。事件の情報を持っていると思われる参考人から任意で事情を聴取したりして情報を集めます。また、防犯カメラの映像や遺留品などを任意で提出してもらったり押収したりして証拠を集めます。
捜査機関から犯人の疑いをもたれ捜査の対象となった者を被疑者といます。参考人から被疑者に扱いが変わることもありますが、特に捜査機関が教えてくれるわけではありません。
強制捜査
任意捜査の結果、被疑者の自宅に覚せい剤や児童ポルノのデータが保存されたパソコンなどの証拠物があり、強制的にでも抑えるべき物があると警察が判断したときは捜索・差押を行い、強制的に証拠物の押収を行います。
また、被疑者が逃亡や、罪証隠滅すなわち証拠潰しをするおそれがあると判断すると、捜査機関は逮捕により被疑者の身柄を拘束し、その間に捜査を進めます。もっとも、実際は逮捕、それに続く勾留を利用して被疑者に対する取り調べが行われているのが実情です。
逮捕・勾留
被疑者が逮捕された場合、司法警察員が被疑者に対し弁解録取を行います。
司法警察員は逮捕のときから４８時間以内に被疑者を検察官に送致します。検察官は被疑者に対し弁解録取を行い、送致のときから２４時間以内に裁判官に対して勾留請求をします。裁判官が勾留決定をすると、勾留請求の日から１０日間、被疑者は勾留されます。勾留は最大１０日間延長でき、最長で２０日間勾留は続きうるのです。その間に検察官は終局処分、すなわち被疑者を起訴するかどうかを決めます。
在宅捜査
被疑者が逮捕されていない場合は、被疑者は警察署や検察庁に呼び出しを受けて取調べを受けます。これは在宅捜査といわれます。在宅捜査は逮捕や勾留のような時間制限はなく、終局処分までは事件によっておよそ１、２か月、長くて６か月かかることもあります。
被疑者が初犯で被害額の少ないなど軽微な事案では警察段階で捜査が終わる場合もあります。これを微罪処分といいます。
微罪処分とならなかった場合、警察官は事件の書類などとともに事件を検察官に送致します。いわゆる書類送検です。書類送検を受けた検察官は被疑者を呼び出すなどしてさらに事件を調べ、終局処分を行います。
検察官の終局処分
検察官の終局処分として、被疑者を起訴せずに捜査を終わらせる不起訴があります。そもそも犯罪が成立していなかったり犯罪の立証が困難などの場合の他、検察官は被疑者の性格、年齢及び境遇、犯罪の軽重及び情状並びに犯罪後の状況を考慮して起訴が必要ないと判断した場合は、起訴しないことができます（刑事訴訟法２４８条）。これは起訴猶予といわれます。
検察官が被疑者を起訴する場合でも、被疑者の同意があれば、１００万円以下の罰金や科料の場合、裁判官の書類審査だけで一日で終わらせる手続きをとることができます。これを略式手続きといいます。
その他にも、事案が明白であり、かつ軽微であり、証拠調べが速やかに終わると見込まれる、など迅速に裁判を終わらせる見込みがある事件で被疑者の同意がある場合、即決裁判手続きを選ぶことがあります。
こうした事情がない場合、検察官は通常の刑事裁判手続き、すなわち公判請求をします。
